داستان فیلم هزار روز، در مورد زن جوانی به نام "سری" است که پس از قبول کردن یک پیشنهاد شغلی خوب به دردسر می‌افتد. او وظیفه دارد تا مراسم پاکسازی را برای دختری بیهوش به اسم "دلا آتموجو"؛ که از طلسم هزار روزه رنج می‌برد، انجام دهد. وحشت زمانی آغاز می‌شود که دوست او از انجام مراسم غفلت می‌کند. شکست در انجام مراسم تا روز هزارم، منجر به مرگ آنها خواهد شد و ...

داستان این فیلم در جزیره‎ ی سومبا در شرق کشور اندونزی روی می‌دهد و درباره ‎ی فردی مرموز به نام مارلینا می‎باشد که وقتی خانه‎ اش مورد حمله ‎ی سارقان قرار می‌گیرد ، سردسته گروه دزدان را به قتل می‎رساند و خود برای فرار راهی سفری نامعلوم می‎شود و…